(一)办公室
负责机关日常运转工作,负责重要事项督查督办和内部考核,承担机关文秘、档案、保密、会务、信访、政务公开、信息、值班管理等工作。承担干部人事、机构编制、劳动工资、离退休干部等工作。拟订并监督执行生态环境有关资金管理和财务管理制度,负责编报和组织实施年度部门预决算,负责机关后勤保障工作,承担国有资产管理工作,组织实施内部审计。负责党的建设工作。指导生态环境法律法规工作,指导环境宣传教育与国际合作工作。
(二)生态督查科
负责统筹监督生态环境保护党政同责、一岗双责落实情况。承担中央、市、区生态环境保护督察综合性工作。牵头协调污染防治攻坚战、美丽重庆建设、生态文明体制改革等工作。牵头市对区经济社会发展考核中涉及生态环境指标的考核工作。负责组织起草生态环境综合性规划。负责组织推进环境污染责任保险,承担绿色信贷信息共享相关工作。
(三)水生态环境科
负责水污染防治和生态保护的监督管理工作。负责拟定并监督实施重点流域、饮用水水源地生态环境专项规划,监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。承担入河排污口的设置管理工作。负责国家、市级生态文明建设综合性示范创建工作。牵头组织实施生态保护修复,承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。负责监督野生动植物保护、湿地生态环境保护、荒漠化防治、生物技术环境安全,组织协调生物多样性保护等工作。指导生态环境科技、环境监测工作。
(四)大气环境科
负责大气、机动车、噪声、光、恶臭等污染防治的监督管理。负责编制大气污染防治等专项规划,拟订重污染天气应对政策措施,组织协调大气面源污染防治工作,监督指导区域大气环境保护工作,组织实施区域大气污染联防联控协作机制。
(五)土壤环境科
负责对土壤生态环境保护、污染地块污染防治、地下水污染防治和生态保护等工作的监督管理,负责编制土壤污染防治规划、计划,指导协调和监督农村生态环境保护,组织指导农村生态环境综合整治,监督指导农业面源污染治理工作。负责固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理。组织实施危险废物经营管理、固体废物转移管理、废弃电器电子产品处理资格管理等环境管理制度。
(六)行政审批科
负责组织实施环境影响评价制度,对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价,按规定及审批权限对建设项目环境影响评价文件提出审批意见。牵头本系统行政审批工作,建立生态环保行政权力清单。负责组织实施污染物总量控制、排污许可、排污权交易、控制温室气体排放和应对气候变化等制度。组织确定水、大气纳污能力及土壤环境承载力,牵头污染物减排工作。组织开展生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析,推进绿色低碳发展,负责全区工业企业、工业园区生态环境管理的日常工作。负责核安全、辐射安全及放射性废物处理的监督管理。