九龙坡区全境原属巴县。1939年12月，今石坪桥、谢家湾、杨家坪、黄桷坪和九龙镇大部分划入重庆市石桥直辖镇；1942年2月至重庆解放，上述地区属重庆市第十七区。1950年10月20日，重庆市第八、十七两区合并组成第四区。1952年11月6日，重庆行政区划调整，巴县江北的马王乡、人和镇，江南的屏都镇、南泉管理局、渔洞镇（1953年划还巴县）等划入第四区；石桥铺、大坪、化龙桥和浮图关、李子坝、黄沙溪分别划给第三区（沙坪坝区）和第一区（市中区）；石桥、歇台、黄泥3乡亦一并划出；区政府由大坪迁至原巴县政府所在地李家沱。1955年10月市政府将第四区更名为九龙坡区。1965年2月15日，九宫庙、新山村和跃进村3个街道划出建重庆市大渡口区。1988年11月，区政府驻地由李家沱迁至杨家坪西郊路27号。1995年重庆市行政区划调整，沙坪坝区的石桥铺街道办事处、石桥镇和巴县的西彭、铜罐驿、陶家、白市驿、巴福、走马、金风、含谷8个镇及石板乡划入九龙坡区；茄子溪街道办事处和八桥镇、建胜镇从九龙坡区划出，划入大渡口区；李家沱、土桥两个街道办事处和花溪、南泉两个镇从九龙坡区划出，划入巴南区。1997年6月，九龙坡区由原隶属四川省重庆市变更为隶属中国第4个直辖市——重庆市。1998年2月，石桥镇、石桥铺街道办事处委托重庆市高新区管委会管理。迄今，九龙坡区所辖范围及隶属关系无变化。